29 октября 1868 года подписан Указ о создании второклассного, общежительного Кунгурского Иоанно-Предтеченского женского монастыря православного исповедания

Основан в соответствии с резолюцией епархиального архиерея от 31 октября 1825 г. в виде обители. Указом Священного Синода от 14 апреля 1851 г. преобразован в общину, затем согласно Указу от 29 октября 1868 г. – в общежительный монастырь.

После революции 1917 г. были национализированы все земельные участки и подворья монастыря.

В 1921 году монастырь закрыли.

В 2004 г. епископ Пермский и Соликамский Иринарх направил Патриарху Московскому и Всея Руси Алексию II рапорт с просьбой благословить возрождение в Кунгуре женского монастыря в честь Иоанна Предтечи.

12 июля 2005 г. создан Устав и зарегистрирована религиозная община Иоанно-Предтеченского женского монастыря.

12 августа 2009 г. решением Свяшенного Синода возведена в чин игумении монастыря монахиня Руфина (Сидорова).

С 1 июля 2015 года начались восстановительные работы. На данное время расчищена территория по периметру монастыря, демонтированы аварийные цеха и помещения бывшей ИК-30.

На территории остались исторические объекты: храм Рождества Иоанна Предтечи, который восстанавливается с 2016 года, в нижнем храме с июня 2024 года совершаются воскресные Божественные литургии.

Свято-Никольский храм г. Кунгура в июле 2009 года реорганизован из приходского в монастырский.

Сестринский корпус (бывшая медсанчасть ИК-30) с мая 2018 года стал новым келейным корпусом для проживания монашествующих (в количестве 15 человек).

Административный корпус (штаб ИК-30) монастырские службы: бухгалтерия, Православная библиотека, выставочный зал по истории монастыря, швейная мастерская, трапезная, концертный зал, небольшая гостиница для паломников, монастырская просфорня, бытовые комнаты.

Монастырь имеет два подворья: в с. Колпашники с храмом в честь Пророка Илии и в с. Полыгорец, где проживают монахини и послушницы.